目的：探讨口腔生物抑菌凝胶联合甲硝唑凝胶治疗慢性牙周炎的临床疗效及对患者龈下菌群、龈沟液中骨吸收因子的影响。方法：选取2022年2月～2024年5月于本院诊治的92例慢性牙周炎患者作为研究对象，采用随机数字表法分为对照组（脱落3例）和观察组（脱落3例），每组43例。两组患者均接受标准化牙周基础治疗，对照组予以甲硝唑凝胶治疗，观察组予以口腔生物抑菌凝胶联合甲硝唑凝胶治疗，两组均治疗4周。比较两组临床疗效、龈下菌群（牙龈卟啉单胞菌、具核梭形杆菌、中间普雷沃菌、黏性放线菌）、龈沟液骨吸收因子[骨保护素（OPG）、白介素-35(IL-35)、白介素-37(IL-37)]、牙周指标[探诊深度（PD）、菌斑指数（PLI）、牙龈指数（GI）]及不良反应发生情况。结果：治疗4周后，观察组临床治疗总有效率（93.02%）高于对照组（76.74%,P<0.05）；牙龈卟啉单胞菌、具核梭形杆菌、中间普雷沃菌、黏性放线菌数量、IL-35、PD、PLI、GI均低于对照组，OPG和IL-37均高于对照组（P<0.05）。两组不良反应总发生率比较无统计学差异（P>0.05）。结论：口腔生物抑菌凝胶联合甲硝唑凝胶治疗慢性牙周炎患者效果较佳，可有效减少龈下致病菌数量，改善牙周状态及调节骨吸收因子水平，且未增加不良反应发生风险。