目的：探讨舒肝解郁胶囊联合盐酸氟西汀胶囊治疗对青少年抑郁障碍患者脑源性神经营养因子（BDNF）、神经递质及心率变异性的影响。方法：选取2024年10月～2025年10月于本院诊治的120例青少年抑郁障碍患者作为研究对象，采用随机数字表法分为对照组（盐酸氟西汀胶囊）和观察组（舒肝解郁胶囊联合盐酸氟西汀胶囊），每组60例。比较治疗前后两组患者汉密尔顿抑郁量表24项（HAMD-24）评分、渥太华自我伤害调查表（OSI）评分、BDNF、神经递质水平[去甲肾上腺素（NE）、5-羟色胺（5-HT）、多巴胺（DA）]、心率变异性指标[窦性RR间期平均值的标准差（SDNN）、标准化高频功率（n HF）、标准化低频功率（nLF）]、不良反应及自杀行为事件发生情况。结果：重复测量方差分析显示，两组患者HAMD-24和OSI评分的时点效应、组间效应、交互效应比较均具有统计学差异（P<0.05）。在T₁（治疗2周）～T₃（治疗6周）时点，观察组患者HAMD-24和OSI评分均低于对照组（P<0.05）。在T₃时点，两组患者BDNF、NE、5-HT、DA、SDNN、nHF和n LF均升高，且观察组高于对照组（P<0.05）。治疗期间，两组患者各项不良反应发生率比较均无统计学差异（P>0.05），且未出现自杀行为事件。结论：舒肝解郁胶囊联合盐酸氟西汀胶囊治疗青少年抑郁障碍患者，有利于上调BDNF和神经递质水平，改善心率变异性，且未增加不良反应发生风险。